RNA pulldown試劑盒適用于研究哪些生物分子間的相互作用？
日期：2025-10-17 11:41:02
RNA pulldown試劑盒核心用于研究RNA與蛋白質(zhì)的相互作用，同時(shí)也可拓展應(yīng)用于RNA與RNA、RNA與DNA的相互作用研究，是解析RNA功能調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵工具。
1、核心應(yīng)用：RNA-蛋白質(zhì)相互作用
這是RNA pulldown試劑盒最經(jīng)典、最成熟的應(yīng)用，主要用于鑒定與特定RNA結(jié)合的蛋白質(zhì)。
研究對(duì)象：包括編碼RNA（如mRNA）和非編碼RNA（如lncRNA、circRNA、miRNA、rRNA、tRNA等）。
具體用途：
驗(yàn)證已知RNA與目標(biāo)蛋白質(zhì)的結(jié)合關(guān)系，例如確認(rèn)某lncRNA是否與特定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。
篩選未知的RNA結(jié)合蛋白，通過pulldown捕獲結(jié)合蛋白后，結(jié)合質(zhì)譜鑒定（如LC-MS/MS），發(fā)現(xiàn)新的相互作用蛋白。
分析不同條件下（如細(xì)胞處理、疾病狀態(tài)）RNA結(jié)合蛋白的變化，探究RNA調(diào)控功能的動(dòng)態(tài)差異。
2、拓展應(yīng)用一：RNA-RNA相互作用
通過對(duì)試劑盒的探針設(shè)計(jì)或?qū)嶒?yàn)流程稍作調(diào)整，可用于研究?jī)煞N或多種RNA之間的結(jié)合關(guān)系。
實(shí)現(xiàn)原理：以目標(biāo)RNA為“誘餌”（標(biāo)記后固定在磁珠上），從樣本中捕獲能與其結(jié)合的“獵物”RNA，后續(xù)通過RT-PCR、qPCR或RNA測(cè)序（RNA-seq）鑒定結(jié)合的RNA。
適用場(chǎng)景：常用于研究lncRNA與mRNA的相互作用（如lncRNA通過結(jié)合mRNA調(diào)控其翻譯或穩(wěn)定性），或lncRNA與miRNA的相互作用（如ceRNA機(jī)制中l(wèi)ncRNA作為“分子海綿”吸附miRNA）。
3、拓展應(yīng)用二：RNA-DNA相互作用
部分RNA pulldown試劑盒可通過優(yōu)化實(shí)驗(yàn)方案，用于檢測(cè)RNA與DNA之間的相互作用，尤其適用于研究染色質(zhì)相關(guān)的RNA與DNA結(jié)合。
實(shí)現(xiàn)原理：將目標(biāo)RNA標(biāo)記后與染色質(zhì)提取物孵育，捕獲結(jié)合的DNA片段，后續(xù)通過PCR、qPCR或染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序（ChIP-seq）的衍生技術(shù)（如ChIRP-seq、RAP-seq）分析結(jié)合的DNA區(qū)域。
適用場(chǎng)景：主要用于研究非編碼RNA（如lncRNA）與基因組DNA的相互作用，例如探究lncRNA如何通過結(jié)合特定DNA位點(diǎn)調(diào)控基因轉(zhuǎn)錄（如啟動(dòng)子、增強(qiáng)子區(qū)域）。
