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如何分析RNA pulldown實(shí)驗(yàn)的結(jié)果?

日期:2025-05-13 10:39:45

    定性分析:通過 Western blot 檢測,可以確定已知蛋白質(zhì)是否與目標(biāo) RNA 相互作用。將洗脫得到的蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行 SDS - PAGE 電泳,然后轉(zhuǎn)膜,用特異性抗體進(jìn)行檢測。如果在相應(yīng)的分子量位置出現(xiàn)條帶,說明該蛋白質(zhì)與目標(biāo) RNA 有相互作用。
 
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    定量分析:可以通過灰度值分析等方法對 Western blot 結(jié)果進(jìn)行半定量分析,比較不同條件下蛋白質(zhì)與 RNA 相互作用的強(qiáng)弱。此外,還可以使用酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)等方法進(jìn)行定量分析,若采用帶有熒光標(biāo)記的 RNA 探針,也可通過熒光強(qiáng)度來定量分析 RNA - 蛋白質(zhì)的相互作用。
    質(zhì)譜分析:對于篩選未知蛋白質(zhì)與 RNA 的相互作用,質(zhì)譜分析是常用的方法。將洗脫得到的蛋白質(zhì)樣品進(jìn)行質(zhì)譜分析,通過數(shù)據(jù)庫比對,可以鑒定出與目標(biāo) RNA 相互作用的蛋白質(zhì)種類和相對含量。